KURSA NOSAUKUMS	
IEVADS BIOINFORMĀTIKĀ	
													
KREDĪTPUNKTI	2		APJOMS (KONTAKTSTUNDĀS)	32		KURSA LĪMENIS (X)	Œ Ž X ’
� � ‘ P	
													
PRIEKŠZINĀŠANAS
(KURSA NOSAUKUMS -VĀRDIEM)	Biol2029 - Bioķīmija I, Biol3132 - Ģenētiskā analīze, Biol3057 - Sugas un populācijas	
													
ZINĀTŅU NOZARE	Bioloģija	
ZINĀTŅU APAKŠNOZARE	Molekulārā bioloģija	
													
KURSU NEVAR APGŪT EKSTERNĀTĀ (X)	X		LEKCIJU SKAITS	13	
			SEMINĀRU VAI PRAKTISKO DARBU SKAITS	3	
			LABORATORIJAS DARBU SKAITS	0	
			KURSA DARBAM ATVĒLĒTO STUNDU SKAITS	0	
													
 KURSS APSTIPRINĀTS:		Apstiprināšanas datums		
													
KURSA AUTORS (-I)	
STRUKTŪRVIENĪBA	AKADĒMISKAIS AMATS	VĀRDS, UZVĀRDS	
LU Bioloģijas fakultāte	Maģ. biol.	Nils Rostoks	
													
KURSA ANOTĀCIJA	
Kursa mērķis ir iepazīstināt maģistratūras studentus ar bioloģiskās informācijas daudzveidību, ieguves un analīzes metodēm un uzsvērt bioinformātikas un eksperimentālo bioloģijas zinātnes nozaru ciešo saistību. Pēc kursa pabeigšanas studentiem jāspēj patstāvīgi sameklēt un analizēt proteīnu un nukleīnskābju sekvences izmantojot demonstrētās metodes, kā arī jāspēj orientēties plašāk sastopamajos bioinformātikas pielietojumos. Mērķa sasniegšanai studenti papildus teorētiskās kursa daļas apgūšanai tiek veicināti piedalīties semināros un patstāvīgi atrisināt specifisku, ar bioloģiskās informācijas ieguvi un analīzi saistītu problēmu, kas var būt saistīta ar viņu maģistra darba izstrādi. Kursa ir balstīts gan uz mācību literatūru, gan piemēriem no jaunākās zinātniskās literatūras, kā arī analītisko metožu praktiskas demonstrācijas, tādēļ kursa apgūšana eksternātā nav ieteicama. 	
													
PRASĪBAS KREDĪTPUNKTU IEGŪŠANAI	
Lekciju apmeklējums, praktiskā uzdevuma atrisināšana (semināra formā) un sekmīgi nokārtots rakstiskais eksāmens.	
													
PIEZĪMES	
Kurss iekļauts Bioloģijas maģistra studiju programmas B daļā.	

													
KURSA APRAKSTS – PLĀNS	
1. Prasības kursa apgūšanai un literatūras avoti. Bioinformātikas jēdziens. 	
2. Bioloģiskās informācijas daudzveidība un apjoms.	
3. Bioloģija, statistika, informācijas tehnoloģijas un programmēšana kā bioinformātikas pamatelementi.	
4. Genomu organizācija un evolūcija.	
5. Salīdzinošā genomika.	
6. Bioloģiskās informācijas datubāzes. Informācijas meklēšanas un iegūšanas sistēmas.	
7. Nukleīnskābju un proteīnu sekvenču līdzības pamatprincipi. Dažādas salīdzināšanas metodes, to priekšrocības un pielietošanas nosacījumi.  	
8. Filoģenētika. Klāsteru un kladistisko metožu pielietojums filoģenētisko koku rekonstruēšanā.	
9. Genoma ekspresijas analīze un statistiskās metodes.	
10. DNS čipu izmantošanas iespējas genomu polimorfisma analīzē. Gēnu ekspresijas ģenētika.	
11. DNS topoloģija un tās paredzēšanas metodes.	
12. Proteīnu struktūra, tās paredzēšanas metodes un pielietojums farmakoloģijā.	
13. Proteomika un sistēmu bioloģija. Tīklveida struktūras kā bioloģisko sistēmu dabiska sastāvdaļa.	
14. Bioinformātikas perspektīvas. Bioinformātika kā priekšnosacījums modernās bioloģijas apgūšanai.	
													
LITERATŪRA	
MĀCĪBU PAMATLITERATŪRA	Lesk A.M. 2005. Introduction to Bioinformatics. 2nd ed. Oxford University Press, New York.	

		

PAPILD-LITERATŪRA	Hall B.G. 2004. Phylogenetic Trees Made Easy. A How-To Manual. 2nd ed. Sinauer, Sunderland.	
	Johnson A.L. 2000. Elements of Programming with Perl. Manning, Greenwich.	

		
		
IETEICAMĀ PERIODIKA	http://www.ebi.ac.uk/2can/home.html	
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html	
	http://www.genome-technology.com/	
	http://bioinformatics.oxfordjournals.org/	

KURSA NOSAUKUMS 
ANGĻU VALODĀ	Introduction to bioinformatics 	

KURSA ANOTĀCIJA ANGĻU VALODĀ	
Introduction to bioinformatics is provided for the Master of Biology programme students. The course will introduce a concept of diversity of biological information, as well as various analytical methods to study biological information. The link between experimental biology and bioinformatics will be stressed. Upon completion of the course students should be able to retrieve specific protein and nucleic acid sequences from a wide range of databases and analyze those using a variety of techniques demonstrated during the course. Students are expected to become familiar with general applications of bioinformatics in different fields of experimental biology. To achieve these goals, students are expected to master the theoretical part of the course and to solve a specific problem using bioinformatics approach. The results must be presented in the form of a short seminar followed by general discussion. 	

STRUKTŪRVIENĪBAS, KAS APSTIPRINĀJA KURSU, VADĪTĀJA PARAKSTS:

	________________________      /__________________________/         _________.________.________
	                                          PARAKSTS                                                                                                  ATŠIFRĒJUMS                                                                                                                   DATUMS

NODAĻAS VADĪTĀJS/ FAKULTĀTES DEKĀNS:
	________________________      /__________________________/         _________.________.________
	                                          PARAKSTS                                                                                                  ATŠIFRĒJUMS                                                                                                                   DATUMS

STUDIJU PADOMNIEKU CENTRA ATZĪMES: