18. TULP2		2. daļa			2019


11. Cik aminoskābes ir šī cilvēka gēna proteīnā? (Lūdzu, norādiet arī izmantotā db ieraksta ID Nr.!)


12. Kāda ir 11. punktā minētā proteīna 51. Aminoskābe (pilnais nosaukums)?


13. Vai šī gēna produktam (proteīnam) ir zināma telpiskā struktūra?

14. Ja, jā, tad, lūdzu, raksturojiet situāciju:
	a) cik daudz dažādi iegūtu struktūru datubāzē ir;
	b) Vai struktūra zināma tieši cilvēka proteīnam;
	c) kādu citu organismu proteīnu struktūras datubāzē pieejamas;
	d) Lūdzu, norādiet piejamo struktūru statusu - vai ir kāda pilna garuma proteīna struktūra
						     - vai piejamās struktūras ir tikai kādai (kādām) proteīna daļām
						     - vai struktūrās dotais proteīns (tā daļas) ir tīrā veidā vai kompleksā ar kādu/kādiem
						       citiem komponentiem!


15. Kuras cilvēka hromosomas, kurā zonā šis gēns atrodas?


16. Kurā peles hromosomā, kurā zonā, kādā novietojumā (cM) atrodas homologs peles gēns?


17. Kāds funkcionāls, labi raksturots (validēts) gēns NCBI grafiskajā cilvēka genoma kartē iezīmēts (atrodas) šim gēnam tieši blakus:
    - telomēriski? 
    - centromēriski?
(Lūdzu, norādiet attiecīgo gēnu nosaukumus un ID Nr.; labi neraksturotus gēnus (loc., ORF, MIR un taml.) lūdzu nenorādiet!)

18. Kādi divi unikāli pamat-marķieri atrodas cilvēka TULP3 gēnā? 
 a) Lūdzu, Norādiet katra nosaukumu un db ieraksta ID Nr. !
 b) Kādi praimeri jālieto, lai šo marķieru sekvences pavairotu PCR ?

19. Lūdzu, noskaidrojiet 5 sekvences, kurām ir vislielākā homoloģija ar uzrādīto sekvenci, un norādiet to NCBI identifikācijas nummurus, sakrītošo nukleotīdu skaitu un E vērtības!
CTGGTGGGCAGGATCCATTGGGATGTTGGTTCTGATCCTGACTCCTCATTCTTGCTTCTGCAGAATGTCTCAGGATAATGACACATTGATGAGAGAGTGAGTAGGGAAACAGATGGGTAGGGGTGGAGGTGGAAAGGGCTGGGGACCCCGTGCACTCGGCTCTGGCTTCATAACCATGTTTGCAGGTTCAGCACCATCGGCCTTGCAGGAAGGGGCTGGGGACCTGGACCTCCTGTGTCCTGAAGGGATGGGGCTAGGGTGCAAACTTCTGGGTCTGAAAGAGAAGGGGTTGGGGGCCCCAGACTCCTGAATCCTGAGACAGGAGGGACCTGGGATCTCTGGGTCCCGGCTTCTGTGGGCCAGTGCCAGGAGAAAGGGCCCTTTAACTGGTGGAGCAGGCTCAGGTTCTGCACCTCCTGTGACCTCACAGGTGCCCAGAACCCAAGCTGAGATAGGGCAGGATGGGGGAAGGAGGGACTCTCTTGGGCAACCGAGGTTCCCTGTGCACTGTCACCATGGGCCTGTGTCTCTCTCAGCATCCTGGCGCATGAGCTCGCTGCTATGAGCTGCAGAAGCTGGAACAGCAGGTATTGTGCCCAT

20. Cik SNP aprakstīti gēna TULP3 5’ netranslējamajā rajonā?

21. Cik gēnam TULP2 homologo gēnu tiek minēts "HomoloGene" datu bāzē?