Nr 00.		2019		4. uzdevums

IRS1 - uzdevuma 2. daļa



 11. Cik aminoskābes garu proteīnu kodē šis cilvēka gēns? (Lūdzu, norādiet arī izmantotā db ieraksta ID Nr.!)


 12. Kāda ir 11. punktā minētā proteīna 61. Aminoskābe (pilnais nosaukums)?


 13. Vai šī gēna produktam (proteīnam) ir zināma telpiskā struktūra?

 14. Ja, jā, tad, lūdzu, raksturojiet situāciju:
	a) cik daudz dažādi iegūtu struktūru datubāzē ir;
	b) Vai struktūra zināma tieši cilvēka proteīnam;
	c) kādu citu organismu proteīnu struktūras datubāzē pieejamas;
	d) Lūdzu, norādiet piejamo struktūru statusu - vai ir kāda pilna garuma proteīna struktūra
						     - vai piejamās struktūras ir tikai kādai (kādām) proteīna daļām
						     - vai struktūrās dotais proteīns (tā daļas) ir tīrā veidā vai kompleksā ar kādu/kādiem
						       citiem komponentiem!


 15. Kuras cilvēka hromosomas, kurā zonā šis gēns atrodas?


 16. Kurā peles hromosomā, kādā novietojumā (cM) atrodas homologs peles gēns?


 17. Kāds funkcionāls gēns NCBI grafiskajā cilvēka genoma kartē iezīmēts (atrodas) šim gēnam tieši blakus

   - telomēriski? 

   - centromēriski?

(Lūdzu, Norādiet attiecīgo validēto gēnu nosaukumus un ID Nr.; labi neraksturotus gēnus (loc., orf, un taml.) lūdzu nenorādiet!)

 18. Kādi divi unikāls pamat-marķieri atrodas šajā gēnā? 
	a) Lūdzu, norādiet katra db ieraksta ID Nr!


 	b) Kādi praimeri jālieto, lai attiecīgi tos amplificētu PCR reakcijā ?


 19. Noskaidrojiet 5 sekvences, kurām ir vislielākā homoloģija ar uzrādīto sekvenci un norādiet to NCBI identifikācijas nummurus, sakrītošo nukleotīdu skaitu un E vērtību.
CAGCCAGAGGACCGTCAGTAGCTCAACTGGACATCACAGCAGAATGAAGACCTAAATGACCTCAGCAAATCCTCTTCTAACTCATGGGTACCCAGACTCTAAATATTTCATGATTCACAACTAGGACCTCATATCTTCCTCATCAGTAGATGGTACGATGCATCCATTTCAGTTTGTTTACTTTATCCAATCCTCAGGATTTCATTGACTGAACTGCACGTTCTATATTGTGCCAAGCGAAAAAAAAAAATGCACTGTGACACCAGAATAATGAGTCTGCATAAACTTCATCTTCAACCTTAAGGACTTAGCTGGCCACAGTGAGCTGATGTGCCCACCACCGTGTCATGAGAGAATGGGTTTACTCTCAATGCATTTTCAAGATACATTTCATCTGCTGCTGAAACTGTGTACGACAAAGCATCATTGTAAATTATTTCATACAAAACTGTTCACGTTGGGTGGAGAGAGTATTAAATATTTAACATAGGTTTTGATTTATATGTGTAATTTTTTAAATGAAAATGTAACTTTTCTTACAGCACATCTTTTTTTTGGATGTGGGATGGAGGTATACAATGTTCTGTTGTAAAGAGTGGA


 20. Cik SNP aprakstīti gēna 5’ netranslējamajā rajonā?

 21. Cik šim gēnam homologo gēnu tiek minēts "HomoloGene" datu bāzē?